Lai nākamgad siltumnīcā augi mazāk slimotu, par tās tīrību jāparūpējas jau rudenī!
Pēc ražas novākšanas no siltumnīcas jāizvāc nobirušie un puvušie augļi, augu atliekas kopā ar saknēm un auklu galus, kā arī izņem no siltumnīcas kastes, spaiņus, podiņus un citu inventāru. Nākamajā sezonā siltumnīcas augu piesiešanai vislabāk ņemt jaunas auklas gan slimību, gan izturības dēļ.
Kad siltumnīca tukša, jāskatās, vai uz tās sienām nav palikušas alģes vai kādi netīrumi, kas nākamajā sezonā samazinās segmateriāla gaismas caurlaidība. Lai notīrītu aļģes, ņem mazgājamo slotu, ūdeni, kam piejaukts trauku mazgājamais līdzeklis, un visu rūpīgi izmazgā, noskalo ar ūdeni. Pēc siltumnīcas izmazgāšanas, dezinfekciju veic saules ultravioletie stari.
Daži saimnieki siltumnīcas dezinficēšanai dedzina sēru, bet tas pašam lietotājam ir neveselīgi – sēra tvaiki ir kairinoši. Turklāt var ciest siltumnīcai blakus augošie augi.
Uzreiz, tiklīdz no siltumnīcas izvāktas augu atliekas, tajā var iesēt zaļmēslojumu, piemēram, rudzus, kuru sakņu izdalījumi nomāc mikroorganismus tādējādi dezinficējot augsni vai samtenes, kas ir labs dezinfekcijas līdzeklis. Lai sasniegtu vēlamo rezultātu, zaļmēslojums pēc tam obligāti jāiestrādā zemē. Pretējā gadījumā - ja zaļmēslojumu atstās augam siltumnīcā, tas nosals, jo uz zaļmēslojuma savairosies pelēkā puve, un ļaunuma būs vairāk nekā labuma.